Aos 12 anos foi para Lisboa como pajem da corte da rainha D. Leonor, podendo usufruir de uma educação a que só as elites podiam aceder. Cresceu num ambiente em que se notabilizavam as descobertas portuguesas, participando na preparação de frotas para a Índia.


Em 1505, com 25 anos, ambicionando tornar-se capitão, alistou-se como voluntário na Armada das Índias Orientais. Foi ferido em Cananor e na Batalha de Diu, na Índia. Em 1514 envolveu-se na luta portuguesa para dominar o Norte de África, na cidade marroquina de Azamor, ajudando Portugal a recuperar a cidade.

Fernão de Magalhães propõe, com a ajuda do proeminente cosmógrafo, cartógrafo e astrónomo Rui Faleiro, um ambicioso plano para a descoberta do caminho marítimo para as ilhas Molucas por Ocidente. Três vezes pediu, três vezes o rei D. Manuel I.
Morreu na ilha de Mactan, Filipinas, em 27 de Abril de 1521, após uma vida curta, apenas 41 anos, em que superou as fronteiras do abismo que separava o mundo antigo e medieval do mundo moderno.